外星人的祖先在三亿年前生活在地球上,后来因为环境恶化而被逼迁往另一星球,但那里的环境原来比地球更糟,他们想返回地球,却无能为力,现在他们当中有几个人来到地球,打算消灭人类,让同胞迁回地球。“猫猫咖啡屋”的主人白金棱和友人赤坂圭一郎为了阻止外星人的行动,展开“猫猫计划”,把Red Data Animals的DNA注入五个女孩体内,使得她们在变身后有神奇的力量对抗外星人。五个女孩组成“东京猫猫”,跟外星人战斗,为地球的未来而努力。猫猫咖啡屋是棱和圭一郎的基地,以咖啡屋作掩饰,东京猫猫的女孩平日在那里兼职侍应,
在神秘委托者的招待下,小五郎与柯南一行人来到了横滨。一行人受邀来到一座巨大城堡,没想到却掉入黑影的神秘男子所设下的陷阱。小兰、灰原与少年侦探团,也因此落入敌人手中成为人质。时间限制为12个小时,如果不在时间内解开男子所出的谜题,小兰他们身上的炸弹就会爆炸。 r “你能了解失去心爱的人,是什么样的心情吗?工藤” r 这名男子居然知道柯南其实就是工藤新一?!这名男子的真正身份,难道是…… r 就在同时,“关西的高中生侦探”服部平次的儿时玩伴和叶也被抓走(因为手上有炸弹而受到威胁,并非抓走)成为了人质